Cette dernière s’intéresse au génome et à son fonctionnement. Elle ouvre aujourd’hui des perspectives pour des critères peu héritables ou difficilement mesurables, avec à la clé une sélection plus efficace. Comment? Grâce aux outils qu’elle a permis de développer.

Le point de départ est le séquençage du génome, c’est-à-dire la lecture des hélices d’ADN qui constituent le patrimoine génétique de chaque individu, que ce soit un animal ou un végétal. Mais ce n’est jamais qu’un enchaînement de lettres qu’il faut ensuite décrypter pour cartographier les gènes. Il reste à comprendre comment ces derniers fonctionnent.

«C’est l’enjeu du XXIe siècle», affirme André Gallais, professeur émérite de génétique et amélioration des plantes à AgroParisTech.

L’état d’avancement de la science varie d’une espèce à l’autre. Pour les végétaux, les séquençages de l’arabette (plante modèle), du riz et du peuplier sont achevés. Celui du maïs le sera très bientôt, tout comme celui de la crucifère «Brassica rapa».

Du côté de l'animal, la poule, le bovin, le cheval et le chien sont déjà passés à la moulinette. Le mouton devrait être disponible à la fin de 2008 et le porc à la fin de 2009.

Plus le temps passe, plus la technique se perfectionne et devient moins onéreuse. La robotisation permet en effet de réaliser un très grand nombre d’analyses en même temps. «Le séquençage du génome humain a coûté 1 milliard de dollars, estime Didier Boichard, chef du département de la génétique animale de l’Inra. Celui de la vache 50 millions de dollars, et celui du mouton devrait atteindre 2 millions de dollars.

Il existe aujourd’hui des techniques permettant un bon séquençage pour 50.000 euros. Certains affichent même leur volonté de séquencer un individu pour 1.000 dollars. D’ici à cinq ans, l’accès à l’information génomique ne sera plus limitant, et ce pour toutes les espèces.»

Comme l'internet, la génomique a développé des outils à haut débit qui n’ont pas seulement permis de réduire les coûts. Grâce à eux, il est maintenant possible d’affiner la localisation des fameux QTL, ces morceaux de chromosomes associés à un caractère présentant un intérêt économique. Jusque récemment, la sélection assistée par marqueur, la Sam (lire Gagner du temps avec la sélection assistée par marqueurs p. 62), reposait sur l’utilisation de «microsatellites» pour repérer les QTL. La région chromosomique associée au caractère étudié comptait alors plusieurs centaines de gènes. L’arrivée de la cartographie fine avec de nouveaux marqueurs, les SNP, a permis de réduire ces zones à une dizaine de gènes. Ce sont ces SNP, qui autorisent aujourd’hui le programme de Sam initié en 2001 chez la vache laitière à passer à la vitesse supérieure.

dossier réalisé par Isabelle Escoffier et Eric Roussel

(extrait de La France agricole n° 3232, du 25 avril 2008)