La Commission européenne a publié un rapport sur l'état de conservation de plus de 1.150 espèces et 200 types d'habitats protégés par la législation communautaire. Seul un nombre réduit de ces habitats et espèces vulnérables présentent un bon état de conservation.
«En Europe, la biodiversité, toujours soumise à une forte pression, est gravement menacée. S'il est certain que nous n'atteindrons pas l'objectif que nous nous étions fixé, à savoir mettre un terme au déclin de la biodiversité en Europe d'ici à 2010, certains progrès ont néanmoins été constatés, a déclaré le professeur Jacqueline McGlade, directeur exécutif de l'Agence européenne pour l'environnement. Pour la période postérieure à 2010, il conviendra de fixer des objectifs clairs, ambitieux et mesurables. Tout en gardant l'accent sur la valeur intrinsèque de la biodiversité, il s'agira également de mettre en avant le rôle fondamental qu'exercent les écosystèmes lorsqu'ils sont résilients et dans un bon état de conservation, ainsi que les services qui y sont associés.»
Le rapport publié couvre 216 types d'habitats et contient des informations sur quelque 1.182 espèces. S'il ressort globalement de cette étude que l'état de conservation de nombreux types d'habitats et d'espèces n'est pas bon, il semblerait que les mesures de protection aient des effets positifs et que plusieurs types d'habitats et espèces commencent à se reconstituer. Ainsi, les populations de certaines espèces telles que l'ours brun, le loup et le castor se reconstituent et se rétablissent dans de nombreuses régions. C'est le signe que les habitats correspondants existent bien et que les pressions négatives comme la chasse et la pollution ont été réduites.
Selon le rapport, l'état général des types d'habitats des formations herbeuses et des zones humides et côtières est particulièrement mauvais. Les formations herbeuses sont généralement associées aux modèles d'agriculture traditionnels, en recul dans l'ensemble de l'Union européenne, et l'état de conservation de tous les types d'habitats associés à l'agriculture est bien pire que celui des autres types d'habitats: seuls 7% des évaluations réalisées sont favorables, contre 21% en ce qui concerne les habitats non associés à l'agriculture.
Le rapport explique que cette situation est due à l'évolution vers une agriculture plus intensive, à l'abandon des terres et à une mauvaise gestion des sols. Les zones humides sont progressivement converties à d'autres fins et pâtissent également du changement climatique, tout comme les habitats associés aux glaciers de montagne. Les habitats côtiers sont soumis à une pression croissante liée au tourisme.