En septembre, la température moyenne s'établit à 17,7°C, soit 0,2°C au-dessus de la normale saisonnière, selon une note du ministère de l'Agriculture parue le 8 octobre 2012. Toutes les régions bénéficient de cette douceur, à l'exception de l'Ouest et du Nord où la température moyenne s'est située autour de 15°C contre 18°C et plus dans le Sud.
Les dix premiers jours du mois de septembre se sont avérés particulièrement cléments dans toutes les régions, avec +1,9°C en moyenne au-dessus des températures de saison. Celles-ci sont devenues plus automnales à partir de la deuxième décade.
Dans la continuité d'août, les précipitations de septembre sont globalement déficitaires. Le Midi-Pyrénées, les départements du Nord et de la Somme, le littoral provençal et très localement l'extrême sud des Pyrénées-Orientales sont particulièrement concernés. En revanche, il a plu en Corse, notamment en début de mois.
Les précipitations cumulées depuis le 1er mars 2012 demeurent excédentaires, particulièrement dans le Nord-Ouest, le Centre-Est et en Corse. Le déficit le plus marqué se situe au sud des Pyrénées-Orientales.
L'indice d'humidité des sols au 1er octobre révèle toutefois un niveau d'humidité inférieur à la normale sur la plus grande partie du territoire métropolitain. Font exception le nord de la Corse, les massifs des Alpes et du Jura, le sud des Alpes-Maritimes, le nord de la Manche et des Côtes-d'Armor ainsi que la Bretagne intérieure.
