Dans un rapport publié le 21 mai 2014, la Cour des comptes européenne « estime, que malgré l'amélioration de la qualité de ses analyses d'impact, la Commission européenne n'examine pas suffisamment l'incidence économique des accords commerciaux préférentiels. Elle constate en outre que des recettes échappent à l'UE en raison de la faiblesse des contrôles douaniers effectués au niveau des États membres, qui ne permettent pas d'empêcher que certaines importations bénéficient indûment de préférences tarifaires. »
« Des accords commerciaux préférentiels couvrent les échanges commerciaux de l'UE avec 180 pays et territoires. La valeur des marchandises importées dans l'Union européenne dans le cadre de ces accords s'est chiffrée à plus de 242 milliards d'euros, soit 14 % des importations de l'UE », indique Baudilio Tomé Muguruza, membre de la Cour responsable du rapport, cité dans un communiqué. « Le commerce profite, sur le plan économique, aussi bien à l'UE qu'aux pays partenaires, et favorise le développement durable ainsi que l'éradication de la pauvreté dans les pays en développement. Les régimes commerciaux préférentiels constituent un instrument essentiel de la politique commerciale de l'UE, mais ils doivent être bien gérés pour assurer la protection des intérêts de l'Union. »
La Cour des comptes constate que « le recours aux analyses d'impact s'est accru et que la qualité des analyses réalisées s'est améliorée, mais des efforts restent nécessaires. Les auditeurs de la Cour ont par ailleurs relevé des cas dans lesquels des marchandises importées ont bénéficié de préférences tarifaires sans qu'aient été fournis les indispensables éléments probants attestant que les marchandises en question étaient bien originaires de pays éligibles, ce qui s'est soldé par une perte de recettes » pour le budget de l'UE.