Dans un communiqué diffusé ce 17 septembre 2015, quelques heures après une réunion au ministère de l'Agriculture où a été évoquée la vaccination contre la fièvre catarrhale ovine (FCO), la Confédération paysanne défend « la liberté vaccinale ». Comme lors du précédent épisode de FCO en France, le syndicat refuse la mise en œuvre d'une campagne de vaccination obligatoire.
« Une stratégie vaccinale sera proposée, expliquait Josian Palach, le secrétaire national en charge de l'élevage, à la sortie de la réunion ce jeudi matin au ministère de l'Agriculture. Nous sommes contre l'obligation de vacciner. Nous sommes d'accord pour vacciner les animaux exportés, mais nous défendons la liberté de choisir pour les autres. »
La Confédération paysanne estime qu'il « serait vain de mobiliser autant de moyens sur une maladie vectorielle et non contagieuse. [...] Elle est avant tout commerciale, utilisée comme outil protectionniste. La lutte contre la maladie est dès lors motivée par la recherche à tout prix d'un retour au statut de pays indemne. Le déclassement de la maladie et une gestion coordonnée de la politique sanitaire s'imposent donc au niveau européen. »