Les dégâts liés aux inondations et aux intempéries représentent des enjeux financiers « considérables » pour les agriculteurs, a estimé Joël Limouzin, le 30 mai 2013 aux Maillys (Côte-d'Or). Le vice-président de la FNSEA était en visite dans une exploitation agricole touchée par les inondations en mai.
Il a demandé que « l'Etat apporte une aide directe aux agriculteurs », notamment par le biais d'un assouplissement sur les charges et les cotisations sociales. « J'interpelle le ministère de l'Agriculture sur l'aspect des calamités agricoles mais aussi le ministère de l'Environnement sur la gestion de l'eau, a dit Joël Limouzin. Il y a eu un abandon de l'entretien des rivières et des fossés depuis la loi sur l'eau (votée en 1992, ndlr) et l'urgence est de reconfigurer les berges, il faut agir. »
Le président de la chambre d'agriculture de la Côte-d'Or, Vincent Lavier, a indiqué que « la procédure pour la reconnaissance en calamité agricole est en cours ». « Il faut absolument qu'on apporte une enveloppe pour les zones touchées », a-t-il ajouté.
Le ministère de l'Agriculture a annoncé, le 24 mai, qu'il mettait en place des mesures pour les agriculteurs touchés par les inondations qui ont submergé des prairies, des surfaces consacrées aux grandes cultures ainsi que des productions légumières. Ces mesures bénéficieront à sept départements : Aube, Marne, Haute-Marne, Yonne, Côte-d'Or, Saône-et-Loire et Seine-et-Marne (les cas des Landes, du Rhône et du Var sont à l'étude).
Ces mesures prévoient notamment une indemnisation par le Fonds national de gestion des risques en agriculture (FNGRA) pour les pertes éligibles, et des assouplissements de certaines dispositions de la Pac, notamment en matière d'utilisation des jachères et d'entretien des parcelles.