Selon un rapport de l'Ifen (Institut français de l'environnement), la présence de pesticides dans les cours d'eau et les nappes souterraines est généralisée en France. C'est le résultat des observations effectuées au cours de l’année 2005, qui permettent d’apprécier l’état général de la qualité des cours d’eau et des nappes souterraines. En effet, l'Ifen dresse, à la demande du ministère de l'Ecologie, régulièrement depuis 1998 un état de la contamination des eaux par les pesticides. Ainsi, 9 rivières sur 10 contrôlées présentent un ou plusieurs pesticides, ainsi que la moitié des eaux souterraines.
En rivière, 91% des 819 points contrôlés en 2005 par l'Ifen présentaient au moins un pesticide. Les niveaux de contamination sont significatifs, indique l'étude de l'Ifen: 36% des points de mesure en eaux de surface ont une qualité moyenne à mauvaise et 25% des points de mesure en eaux souterraines ont une qualité médiocre à mauvaise.
Ce dossier démontre également que 36% des points de mesure en eaux de surface ont une qualité moyenne à mauvaise. Pour 10% des points d’observation, les teneurs en pesticides observées peuvent affecter de manière importante les équilibres écologiques ou ne peuvent permettre l’utilisation de la ressource pour l’approvisionnement en eau potable. 25% des points de mesure en eaux souterraines ont par ailleurs une qualité médiocre à mauvaise. Les aquifères correspondants nécessiteraient un traitement spécifique d’élimination des pesticides s’ils étaient utilisés pour produire de l’eau potable.
Les substances les plus quantifiées en 2005 dans les eaux superficielles sont le glyphosate et son métabolite l’AMPA, le diuron, l’atrazine et ses deux métabolites – l’atrazine déséthyl et la 2-hydroxy atrazine –, l’isoproturon et l’aminotriazole. Les substances les plus quantifiées, en 2005, dans les eaux souterraines sont l’atrazine et ses trois métabolites – l’atrazine déséthyl, l’atrazine déisopropyl et la 2-hydroxy atrazine –, la terbuthylazine déséthyl qui est un métabolite de la terbuthylazine, la simazine, l’oxadixyl et le diuron.