La filière du Comté a une longue tradition d'organisation. L'histoire remonte au XIIIe siècle, avec les premières « fructeries ». En 1945, des responsables professionnels jurassiens créaient le Syndicat de défense du gruyère de Comté », l'ancêtre du Comité interprofessionnel du gruyère de Comté (CIGC). Ce dernier est fondé par décret, le 11 juin 1963, il y a tout juste cinquante ans.
Souvent citée en exemple pour sa structuration, la filière du Comté illustre aussi une maîtrise réussie de l'offre. Les ventes croissent régulièrement. « Depuis 20 ans, près de 1.000 tonnes supplémentaires sont vendues chaque année, passant de 29.000 t en 1991 à 52.000 t en 2012 », souligne Jean-Jacques Bret, directeur du CIGC.
Par ailleurs, les débouchés se diversifient. Lentement mais sûrement. « Après-guerre, la distribution était strictement locale. Puis le marché s'est « dérégionalisé » grâce à la télévision, à la grande distribution... Il y a dix ans, la moitié de la consommation était localisée dans le Grand Est. Aujourd'hui, le comté est référencé partout en France. » Et 54 % des ménages en achètent, contre 43 % dix ans auparavant.
Plus de 90 % des volumes restent vendus en France, mais le comté part progressivement à la conquête de débouchés à l'exportation : Allemagne, Belgique, Royaume-Uni, Etats-Unis... Le marché japonais est encore confidentiel.