Les débats ont été nombreux entre irrigants, représentants du ministère de l'Ecologie et le représentant de France nature environnement lors de la journée nationale sur l'eau organisée par la FNSEA, Jeunes Agriculteurs et l'APCA (chambres d'agriculture) le mercredi 9 avril 2008 à Paris.
Les différends concernent notamment la gestion de l'eau dans les milieux naturels. A la suite du Grenelle de l'environnement, le comité opérationnel «eau» examine les actions nécessaires pour atteindre «100% des masses d'eau en bon état à terme en passant de 70% de dérogations aujourd'hui à moins d'un tiers en 2015 et moins de 10% en 2021». Les professionnels ont émis des réserves sur cet engagement trop exigeant.
Une autre polémique a émergé concernant l'organisme unique qui se voit confier, sur un périmètre adapté, la répartition des volumes d'eau d'irrigation. Cette gestion collective a déjà été mise en place dans certains départements, les autres ont jusqu'à la fin de 2010 pour l'organiser. Ce qui promet encore des échanges houleux, notamment sur la question des volumes alloués et du stockage.
Jean-Jacques Chassagnou, des ''Irrigants de France'' a rappelé que «la profession avait toujours dit ''oui'' à la gestion collective de l'eau afin de répondre à l'objectif de produire plus et mieux». Mais des éclaircissements doivent être apportés à la définition des prélèvements allouables pour chaque usage. «Une réflexion doit aussi être menée sur le stockage de l'eau afin de pérenniser les filières et le développement socio-économique des régions», a-t-il insisté.