Lors de la conférence environnementale qui s'est tenue les 14 et 15 septembre 2012, le président de la République a lui-même affirmé que les agriculteurs avaient fait « des efforts considérables ces dernières années, [...] souvent à des coûts élevés pour leurs exploitations » et qu'ils devaient être « accompagnés et soutenus ».
C'est la table-ronde consacrée à l'énergie qui a suscité le plus d'émotion. François Hollande a annoncé l'abrogation de sept permis d'exploration de gaz de schiste, et réaffirmé l'interdiction de la fracturation hydraulique. Une ligne de conduite qui restera la même durant tout le quinquennat, a affirmé le président de la République. Il a par ailleurs confirmé des objectifs ambitieux de réduction d'émission de gaz à effet de serre, qu'il souhaite pousser à 40 % en 2030 et 60 % en 2040. Mais le salut ne viendra pas des biocarburants de première génération, pour lesquels il a réclamé une « pause ».
Sur les autres sujets, la profession agricole, pour une fois d'accord avec les ONG environnementales, a salué la décision du gouvernement de mettre un frein à l'artificialisation des sols. Les objectifs et les moyens doivent encore être précisés dans le cadre de la loi sur l'urbanisme qui doit être préparée à la fin de 2012 et au début de 2013.
Concernant les phytosanitaires, l'objectif de réduction de leur utilisation a été rappelé, sans remettre en avant l'objectif de 50 % de baisse. La FNSEA s'est notamment attachée à expliquer en quoi les conditions climatiques ont pu entraver la réalisation de cet objectif. Un argument contesté par la Confédération paysanne, qui rappelle que l'Inra estimait possible une diminution de 30 % des doses sans baisse de revenu. Le syndicat minoritaire demande que l'on se penche sur les causes de l'échec d'Ecophyto et que l'on se donne de véritables moyens pour le mettre en application.
Le Premier ministre a rappelé que les épandages aériens de produits phytosanitaires resteraient interdits, sauf cas dérogatoires en l'absence d'alternatives.
Pour développer l'agriculture biologique, qui reste loin des objectifs du Grenelle, un nouveau plan a été annoncé mais le secret a été bien gardé sur les objectifs et les moyens qui lui seront dévolus.
Sur les OGM, aucun débat n'a eu lieu, le ministre de l'Agriculture ayant déjà annoncé avant la conférence que le moratoire serait maintenu.
Enfin, l'annonce de la création d'une Agence de la biodiversité suscite à ce jour moins d'enthousiasme que d'interrogations (concernant ses missions, ses financements, et son articulation avec les organes déjà existants dans ce domaine).
La FNSEA, qui comptait au moins deux porte-parole à chacune des cinq tables-rondes, juge que le dialogue a été globalement satisfaisant.
La Confédération paysanne se félicite que le gouvernement ait « réaffirmé sa volonté de “sanctuariser” les terres agricoles, de réduire réellement l'utilisation des pesticides, de mettre en place un plan de développement de l'agriculture biologique, de maintenir le moratoire sur les OGM, d'arrêter le développement des agrocarburants, de remettre à plat la loi sur les certificats d'obtention végétale (COV) ».
De leur côté, les ONG environnementales, qui représentaient un collège à part entière à chaque table ronde, regrettent le manque d'objectifs chiffrés et le flou sur les moyens, notamment sur le volet agricole.