Sur l'année civile 2011, la médiation de la MSA a traité 347 demandes (contre 330 pour l'exercice précédent), provenant à 83 % d'assurés. Un quart (82 demandes) a abouti à une modification de la décision initiale, favorable en totalité ou partiellement à l'assuré. Ces chiffres proviennent du rapport annuel 2011 du médiateur de la MSA rendu public en juillet 2012.
En 2011, les réclamations ont porté en majorité sur les retraites (34,09 %), puis les cotisations (18,51 %), la maladie, la maternité et l'invalidité (16,83 %) et les prestations familiales (13,64 %).
Les assurés peuvent saisir le médiateur quand la décision de la commission de recouvrement amiable (CRA) ne leur donne pas satisfaction. Le médiateur de la MSA a pour mission de chercher à résoudre les litiges entre les adhérents du régime agricole et leur caisse de MSA. La saisine du médiateur peut se faire soit par internet à partir du site www.msa.fr, soit par lettre simple adressée à l'adresse suivante : Monsieur le médiateur de la MSA, Les Mercuriales, 40, rue Jean Jaurès, 93547 Bagnolet Cedex.
En outre, le médiateur formule des propositions de modification de textes destinées à corriger des dispositions inadaptées ou inéquitables. Certaines, relatives par exemple aux exonérations JA, ont été reprises.